人はじめ多くの動物の腸管内にある細菌の総称。健康な人の腸には３００種、１００兆個ともいわれる腸内細菌がバランスよく住みつき消化・吸収から免疫機能の活性化やビタミンの合成など多岐にわたる働きをしています。この細菌は病原菌など有害な菌が簡単に体内に入らないよう守ってくれる必要不可欠な存在。
　腸内細菌は大きく善玉菌、悪玉菌、日和見菌の3種に分類でき普通は善玉菌20％、悪玉菌10％の割合で、残る70％が日和見菌で優勢な方に加勢し良い働きも悪さもします。善玉菌の代表はビフィズス菌や乳酸菌、悪玉菌の代表は大腸菌やウェルシュ菌など。老化やストレス、疾病、環境変化、食生活などによりバランスが崩れ、悪玉菌が優勢になると有害物質が生成されます。それらは血液を通して体内に回り、肌荒れや口臭・体臭となって体外に排出されます。排出されず溜まるとがんや生活習慣病などの重篤な病気を引き起こす可能性もあります。
　最近ではニトロソアミンのような発がん性物質を作り出すことが大腸がんの発症と深く関わっているとの指摘もあります。悪玉菌の増加要因として日常の生活習慣（たんぱく質や脂質の過剰な摂取、運動不足）や社会環境（ストレスによる腸の働きの低下など）、加齢などが挙げられます。オリゴ糖や食物繊維を積極的に摂り、善玉菌を意識して増やす必要がありそうです。